Biserica avea mare încredere în pedeapsa corporală ca remediu pentru revolta spirituală.
Unii dintre cei mai faimoşi eretici vizaţi de Inchiziţie erau catharii, de orientare gnostică şi dualistă, ducând la extrem opoziţia dintre bine şi rău. Ei considerau că toată lumea vizibilă este opera diavolului, considerând chiar naşterea şi viaţa rele. Lumea materială este o temniţă în care sunt aruncate sufletele (reîncarnate de mai multe ori) care aparţin lui Dumnezeu, care se pot mântui printr-un ascetism radical. Punctul de atracţie principal al credinţei îl constituie absenţa credinţei într-un infern după moarte. În ciuda practicilor extreme precum înfometarea, catharii se situau pe un dublu nivel de moralitate:o morală strictă pentru Perfecţi şi una mai laxă pentru Auditorii.
Catharii nu erau foarte numeroşi, în jur de 5-10% din populaţia din Languedoc, dar pentru că se ocupau cu precădere de comerţ şi cămătărie erau foarte bogaţi şi influenţi, în ciuda jurământului de sărăcie. Nu atât diferenţele doctinare îi supărau pe catolici, cât puterea sectei. I-am fi găsit răspândiţi prin sudul Spaniei, Italiei, pe valea Rhonului, prin Alpi, Germania de sud, Flandra şi chiar Anglia, Bulgaria sau Bosnia. Printre fundamentele credinţei catharilor, cunoscuţi şi sub numele de albigenzi, se află munca, asimilată unei adevărate rugăciuni. Catharismul a avut succes pentru că Biserica Catolică se opunea dezvoltării capitalismului, în sensul de relaţii economice deschise, condamnând cămătăria şi împrumuturile. Mai mult, catharii nu erau foarte dornici să plătească atâtea taxe Bisericii, o structură închisă şi lipsită de simţul realităţilor cotidiene.
Perfecţii cathari, cel puţin în teorie, se erijau în imitatori absoluţi ai lui Iisus şi ai moralei eseniene. Refuzau să depună jurăminte pentru a nu-l aduce pe Dumnezeu în chestiunile materiale, condamnau orice formă de avere, predicau atenţia faţă de săraci. Un sentiment de protest similar regăsim şi în sânul Bisericii Catolice, născându-se ordine monastice precum cistercienii, dominicanii, franciscanii, dar acestea păstrau totuşi legăturile cu catolicismul şi îi împărtăşeau multe dintre politici.
Încă din secolul al XI-lea, împărăteasa Theodora a II-a condamnă la moarte un mare număr de paulicieni, eretici tot dualişti, care fac o distincţie între Dumnezeul creator al cerului şi pământului şi Dumnezeul creator al sufletelor şi resping Vechiul Testament, pretinzând că nu a existat o întrupare a lui Iisus care ar fi doar un inger. În 1118 Alexios Comnenul tratează bogomilismul, paulicianismul combinat cu tendiţele reformatoare ale Bisericii slave, cu aceeaşi severitate. Probabil persecuţiile acestea au cauzat oarecum exodul ereziilor în Occident.
În 1022, regele Robert al II-lea cel Pios al Franţei, temându-se pentru siguranţa regatului şi al sufletelor din el, ordonă arderea pe rug a 13 cetăţeni de vază la Orleans, câştigând simpatia mulţimii. Zece dintre ei se declară fideli principiilor cathare şi sunt etichetaţi drept maniheişti. Maniheismul, una dintre cele mai importante religii din Orientul Mijlociu, apărut în secolul al III-lea, a avut o influenţă definitorie asupra multor erezii medievale. Cel mai important principiu maniheist este cel al dualității. Mani propovăduia că încă de la începuturile creației, au coexistat două naturi opuse, întunericul și lumina. Pacea și liniștea erau apanajul luminii, pe când în întuneric existau constante frământări. Universul este rezultatul temporar al unui atac al întunericului asupra luminii, din mixtura cărora a luat naștere Spiritul Viu, o emanație alcătuită din lumină și întuneric. Maniheismul a făcut eforturi însemnate pentru a include în sfera proprie, principiile tuturor religiilor cunoscute în epocă. Un element cheie îl reprezintă non-omnipotența puterii lui Dumnezeu, negarea perfecțiunii infinite a divinității, acesta având o natură duală, compusă din două părți egale dar opuse (Bine-Rău).
Persecuţiile împotriva ereticilor difereau cumva de vânătorile de vrăjitoare (interogare, tortură, pedepsire). Lucrurile trebuie nuanţate, pentru că nu întotdeauna era vorba de represiuni sistematice şi raţiunile erau şi religioase, şi politico-economice. În 1045, episcopul de Chalons, Roger, observă că secta se răspândeşte în dioceza sa şi îi cere sfatul lui Wazo, episcopul de Liege. Wazo îl îndeamnă să nu aplice forţa pentru că este contrar principiilor creştine. Un caz opus este acela din iarna lui 1051, când câţiva eretici îşi găsesc sfârşitul la spânzurătoare pentru că împăratul Henric al II-lea doreşte să prevină rebeliunile din Sfântul Imperiu Roman de Naţiune Germană datorate şi propagării ‘leprei eretice’.
În 1076 un cathar este condamnat la ardere pe rug de către episcopul de Cambrai. Altora li se dă posibilitatea alternativei convertirii la catolicism. Majoritatea preferă să moară. Astfel de cazuri singulare puteau rezulta în revolte populare. De exemplu, în 1114, episcopul de Soissons arestează o multime de eretici, dar în vreme ce solicită sfatul unui sinod adunat la Beauvais, un grup de creştini dau năvală în temniţă, îi iau pe acuzaţi şi îi ard ei înşişi. În 1144 o altă mulţime creştină furioasă atacă pe catharii întemniţaţi la Liege, pe care episcopul spera să-I convertească. Acesta reuşeşte cu greu să-i salveze pe câţiva din mâinile plebei. Ceva similar se petrece şi la Köln, unde arhiepiscopul încearcă să-i aducă înapoi în Biserică şi creştinii furibunzi îi asaltează ei înşişi pe cathari. Mulţi reprezentanţi ai Bisericii se opuneau de altfel pedepsei cu moartea. Peter Canter susţinea că un om poate fi considerat eretic după a treia negare a credintei sale, după care acesta nu trebuie omorât, ci cel mult aruncat în temniţă. Bernard de Clairvaux spunea şi el că aceştia trebuie convinşi prin persuasiune, nu prin violenţă. Pentru apologeţii legilor ecleziastice nu Biserica este responsabilă pentru acţiunile împotriva sectanţilor, ci autorităţile civile. Unele rapoarte ne arată că pedepsele Bisericii nu erau într-adevăr atât de dure, altele în schimb dovedesc contrariul.
Oricum, din secolul al XII-lea creşte teama autorităţilor bisericeşti deoarece catharismul se răspândeşte în cote alarmante, ameninţând poziţia de putere a acestora. Credinţa că ereziile se combat cel mai bine tăindu-le din rădăcini prinde contur. În 1183 are loc o campanie vastă de masacrare condusă de ducele Filip de Flandra şi arhiepiscopul de Reims, care au condamnat în egală măsură oameni de rând, nobili, clerici, cavaleri, ţărani, femei, confiscând numeroase proprietăţi. Între 1183 şi 1206 episcopul Hugo de Auxerre se poartă similar cu neo-maniheiştii. Şi regele Filip August al Franţei execută cathari la Troyes în 1200 şi la Nevers în 1201, trei ani mai târziu mai mulţi la Paris. Raymond de Toulouse dă şi o lege prin care formalizează arderea ereticilor. În 1197, Petru Catolicul, rege al Aragonului, dă un edict prin care schismaticii sunt expulzaţi din regat sub ameninţarea cu moartea.
Legislaţia ecleziastică ocoleşte pedepsele capitale, dar prevederile sunt dure şi aici. Alexandru al III-lea cere la Conciliul de la Lateran din 1179 ca liderii seculari să le confişte proprietăţile şi să-I arunce în închisoare pe cei care tulbură ordinea publică. În 1148 un acord între Frederic Barbarossa şi papa Lucius al III-lea stipulează investigarea fiecărei comunităţi, depistarea schismaticilor şi aducerea lor la curtea episcopală în vederea excomunicării şi predării autorităţilor civile. Pedepsele includeau exilul, exproprierea, arderea casei inculpatului, excluderea sa din comunitate, dar rareori moartea.
Iniţial de investigarea ereziilor se ocupau episcopii. Alarmaţi de răspândirea rapidă a catharismului şi a influenţei albigenzilor, papii emit instrucţiuni tot mai stringente la adresa lor. Albigenzii erau o ramură mai radicală a catharilor, condamnau înavuțirea și averile, iar teologic negau patimile lui Isus Cristos, cele șapte sacramente creștine, crucea, Judecata de Apoi, Infernul, Purgatoriul și Paradisul, fiind și iconoclaști consecvenți. Refuzau cea mai mare parte a scrierilor Vechiului Testament. Biserica Catolică o identificau cu femeia stacojie care apare în Apocalipsa Sf. Ioan. Drept urmare, în 1209 papa Inocenţiu al III-lea işi pierde cumpătul şi începe să predice necesitatea unei cruciade împotriva albigenzilor. Ca şi în cazul cruciadelor anti-musulmane papa oferea indulgenţe participanţilor şi ameninţa conducătorii seculari cu excomunicarea dacă refuzau să-şi purifice teritoriile de erezii, dar şi cu pierderea vasalilor ale căror pământuri treceau în mâinile Bisericii. Instrucţiunile au fost confirmate la conciliul de la Lateran din 1215, la care participă 71 de arhiepiscopi şi 400 de episcopi. 20.000 de mii de creştini se arată nerăbdători să –şi salveze sufletele şi să se îmbogăţească în urma unor crime legalizate şi justificate moral. Era pentru prima dată când un papă sancţiona un război sfânt împotriva altor creştini.
Catharii deveniseră ţinta oricăror abominaţii. În 1211 castelul din Caberet e distrus şi toţi ocupanţii sunt ucişi. Când capitulează Marmaude sunt măcelăriţi 5000 de bărbaţi, femei şi copii. Secta apostolicilor, care reveniseră la obiceiuri simple eseniene dispare şi ea. Fondatorul, Gerhardt Sagarellus din Parma, e ars de viu în 1300. Succesorul său Dulcino de Navarra moare sfâşiat. În primele trei decenii ale secolului al XIII-lea inchiziţia papală nu există ca instituţie, dare există inchiziţia ca formă a procesului penal. Erezia era o crimă noţională, definită de autorităţile ecleziastice ca trădare a lui Dumnezeu, deci trebuia abordată aşa cum autorităţile laice o făceau cu trădătorii. Acuzaţiile împotriva cărora era greu să te aperi aduceau profituri considerabile Bisericii, care se înstăpânea asupra proprietăţilor inculpaţilor. Rescriptul lombard din 1224 este prima lege care formalizează arderea pe rug ca pedeapsă pentru erezie, folosită însă şi anterior dar nu ca practică-standard. Se instituţionalizează astfel şi inchiziţia ca sistem de persecuţie şi interpretare a legii.
